Misi tersebut akan terwujud apabila dilaksanakan dengan kerja sama dan perencanaan yang baik dengan pengorganisasian yang tertera serta pengawasan yang terkendali.
Dengan visi dan misi tersebut diharapkan Pengadilan Agama Labuan Bajo menjadi Pengadilan Agama yang bersih dari KKN serta bebas dari campur tangan pihak luar yang dapat mempengaruhi proses penegakan hukum, yang ditangani oleh tenaga-tenaga yang profesional, proporsional, handal serta terampil di bidangnya masing-masing, dengan demikian Pengadilan Agama Labuan Bajo dapat menjadi Pengadilan Agama yang terhormat dan dihormati oleh masyarakat pencari keadilan maupun instansi/lembaga lainnya.